SARS-COV-2 Criblage Variants "Anglais" et "Sud-Africains ou Brésiliens"

Lettre d'information n°15 - Février 2021

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MISE EN PLACE DE LA RT-PCR DE CRIBLAGE DES VARIANTS DE SARS-COV-2 CHEZ BIO-VAL

Suite à l’évolution de l’épidémie et l’émergence de variants de SARS-CoV-2, le Gouvernement souhaite connaître la proportion des variants dit « anglais » et « sud-africains ou brésiliens » au sein de la population des patients présentant un résultat positif de la RT-PCR de dépistage « COVID ».

Cette détermination doit permettre un renforcement du « contact-tracing » pour limiter la propagation des variants de SARS-CoV-2, dont la contagiosité serait plus importante.

De ce fait, chez Bio-Val nous avons mis en place sur notre plateau technique de Poisy, une nouvelle technique RT-PCR de criblage de variants du virus (réactifs ID Solution approuvés par l’ANSM).

En pratique, en 1ère intention nous réalisons toujours une RT-PCR de dépistage de SARS-CoV-2, en recherchant 2 ou 3 cibles virales (gènes N, région ORF-1ab et gène S).

La technique de RT-PCR de criblage est réalisée en 2ème intention pour des échantillons positifs au SARS-CoV-2 qui présentent une charge virale suffisante (Ct < 36).

La PCR de criblage détecte de manière qualitative la présence d’ARN du SARS-CoV-2 et permet d’identifier s’il s’agit:

  • du variant 20I/501Y.V1 dit « variant anglais »,
  • des variants 20H/501Y.V2-20J/501Y.V3 dits « variant sud-africain ou brésilien ».

La transmission des résultats s’effectue désormais en deux temps pour les RT-PCR « positives »:

  • tout d’abord les résultats de dépistage de 1ère intention sont transmis dans la ½ journée aux prescripteurs et aux autorités via plateforme SIDEP,
  • pour les dossiers « positifs », nous rajoutons une RT-PCR de criblage de variants. Les résultats de cette deuxième PCR sont rendus dans les 48 h.

N’hésitez pas à contacter votre Biologiste médical pour toute question!

Dr Janina Ferrand et Dr Emmanuel Bories