Interprétation de la valeur CT - Estimation de la charge virale

Lettre d'information n°17 - Février 2021 (MU-IT-MG-046-01)

Interprétation de la valeur du CT pour la RT-PCR SARS-COV-2 (Estimation de la charge virale)

La RT-PCR est la technique de référence de détection de SARS-CoV-2. Il s’agit d’une technique très sensible, qui permet de détecter de très faibles quantités de virus.

Dès lors, on peut se questionner sur la contagiosité des patients chez qui le virus a été retrouvé mais dont l’excrétion virale est a priori très faible. Cette information pourrait impliquer des modifications de prise en charge dans certaines situations:

pour les patients en établissement de soins.
pour les individus asymptomatiques (cas contact, dépistages en EHPAD, recherche autour de clusters, …).
pour les individus ayant déjà eu un test positif et cliniquement guéris (le test peut, dans certains cas, rester positif pendant 60 jours, voire plus).
pour les patients ayant besoin d’une admission dans une structure de soins, etc….

Savoir faire la différence entre des situations à fort ou faible risque infectieux pourrait donc être important pour mettre en place des précautions spécifiques et améliorer le contact tracing.

La Société Française de Microbiologie (SFM) a récemment mis à jour son logigramme d’interprétation pour les valeurs de Ct (Cycle threshold ou encore Cycle seuil) pour les RT-PCR du SARS-CoV-2.

Pour rappel, le Ct est le cycle d’amplification de la PCR à partir duquel la quantité de virus présent dans l’échantillon est détectée. Cette valeur est inversement proportionnelle à la « charge virale »: plus le Ct est élevé, plus faible est la quantité d’ARN viral dans l’échantillon.

La SFM considère que le Ct permet d’estimer la charge virale, car le prélèvement nasopharyngé est bien reproductible. Toutefois, il faut bien garder à l’esprit que la présence du virus dans l’échantillon, et donc sa quantité, peut dépendre:

du délai entre le début des symptômes et le prélèvement (idéalement entre 1 et 7 jours).
de la bonne pratique de prélèvement.
des bonnes conditions de conservation.

Fort de ces constats, la SFM a donné des indications pour interpréter les seuils de Ct de la RT-PCR du Covid-19 pour un grand nombre de techniques PCR. Les résultats rendus doivent toutefois rester qualitatifs (de type positif/négatif), les Ct ne pouvant pas être communiqués sur les compte rendus.

Concernant notre nouvelle technique RT-PCR SARS-CoV-2 de ThermoFisher, qui cible 3 gènes du virus (gène ORF1ab, gène de la protéine N et gène de la protéine S), la SFM indique, que:

Si Ct < ou = à 18: le résultat est déclaré Positif fort = Forte excrétion virale
Si Ct entre 19 et 28 inclus: le résultat est déclaré Positif = Excrétion virale significative
Si Ct entre 29 et 37 inclus: le résultat est déclaré Positif faible = Excrétion virale modérée voire très faible
Si Ct > à 37: résultat doit être considéré comme Négatif

Malgré tout, il ne faut pas baisser la vigilance et même avec une excrétion virale faible, le respect strict des gestes barrières reste en vigueur.

Pour une interprétation complète, ces résultats sont toujours à confronter au contexte clinique.

Pour toutes interrogations, n’hésitez pas à contacter votre Biologiste médical !

Dr Janina FERRAND et Dr Emmanuel BORIES