SARS-COV-2 Dépistage & Criblage en un seul temps

Lettre d'information n°19 - Mai 2021 (MU-IT-MG-050-01)

SARS-CoV-2 Depistage et Criblage En un seul temps

Rendu des résultats dans la ½ journée!

Nous suivons de près l’émergence des nouveaux variants du Covid-19 et nous mettons en place des nouvelles techniques pour une détection et criblage accélérés.

Dès lors, depuis le 23/04, nous avons mis en place, sur notre plateau de microbiologie, une nouvelle technique de détection du virus (réactifs ID-Solution).

Elle nous permet de détecter dans un seul temps la présence du SARS-CoV-2 et d’effectuer le criblage des variants préoccupants (VOC). Le « contact-tracing » est ainsi optimisé.

Dans cette nouvelle RT-PCR on réalise deux analyses simultanées:

le dépistage détectant 2 cibles virales constantes: gène de la protéine de nucléocapside (N) et gène de l’ARN polymérase dépendante de l’ARN (RdRp).
le criblage amplifiant 2 séquences codant la protéine de spicule (Spike ou S), afin de rechercher la présence des mutations N501Y et surtout E484K! Cette dernière favoriserait l’échappement immunitaire (post-infection et post-vaccinal).

Ainsi, nous pouvons très rapidement identifier les variants préoccupants (VOC) à ce jour:

Le variant 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7 dit « variant anglais ».
Les variants 20H/501Y.V2 ou B.1.351 - 20J/501Y.V3 ou P.1 dits « variants sud-africains ou brésiliens ».

Ainsi les résultats (dépistage + criblage) sont rendus dans la ½ journée aux prescripteurs et aux autorités via la plateforme SIDEP.

L’épidémie de Covid-19 évolue sans cesse, nos techniques aussi!

Dr Janina Ferrand et Dr Emmanuel Bories

Références:

Fiche technique Kit Id-Solution Quadruplex
Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections
respiratoires et Santé Publique France – mise à jour du 21/04/2021