Panel PCR Elargi Coproculture

Docteur(e),

le laboratoire BIO-VAL a le plaisir de vous informer sur les 4 nouveaux groupes pathogènes entériques détectés grâce à la mise en place du panel moléculaire étendu.

Les gastro-entérites aiguës (GEA) sont l’un des premiers motifs de consultation en médecine générale et en pédiatrie. Afin d’accélérer le diagnostic étiologique, depuis plusieurs années notre laboratoire a mis en place des panels PCR multiplex pour les pathogènes bactériens (Salmonella, Shigella, Campylobacter et E. coli entéro-hémorragique) et viraux les plus fréquents permettant le rendu des résultats en moins de 24h (cf. LETTRE INFO N°5 - JUIN 2019, LETTRE INFO N°8 - JANVIER 2020)

Cette année, nous mettons en place le panel bactériologique étendu permettant une détection de 4 groupes de pathogènes entériques supplémentaires : Yersinia enterocolitica, Escherichia coli entero-toxinogène (ETEC), Vibrio et Plesiomonas.

Voici un bref rappel des principales informations concernant ces microorganismes.

• Porc, lapins, autres mammifères, mollusques, crustacés

• Capacité de multiplication à +4°C!

• Contamination : ingestion d’aliments contaminés (souvent viande de porc et produits laitiers)

• 3ème cause de diarrhées bactériennes en France (cas sporadiques, parfois cas groupés):
  • Entérite aiguë : diarrhées, douleurs abdominales, fièvre
• Syndrome pseudo-appendiculaire (adénite mésentérique)
• Rarement manifestations extra-intestinales (abcès, pneumonie, bactériémie) - sujets plus âgés ayant un terrain fragilisé (diabète, cirrhose hépatique, hypersidérémie)
• Manifestations réactionnelles au décours d’une entérite: arthrite réactionnelle, érythème noueux

• Selles :

• • Détection durant la phase diarrhéique et plusieurs semaines après une guérison clinique
  • Détection accélérée : PCR spécifique – résultats en 24h
  • Résultat positif à confronter à la clinique car plus de 25% de souches isolées sont non pathogènes – notamment biotype 1A, très répandu dans l’environnement, est fréquement présent à l’état saprophyte dans l’intestin
  • En cas de PCR positive, une culture est systématiquement réalisée pour l’envoi et Itypage de la souche au Centre National de Référence (CNR)

• Eaux douces ou d’estuaires, poissons et fruits de mer

• Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés (principalement fruits de mer)

• Cas sporadiques, prédominance estivale ; plus fréquent dans les régions tropicales et subtropicales
  • Diarrhée aiguë aqueuse (forme la plus fréquente)
  • Syndrome dysentérique, diarrhée chronique (>14jours)

• Sepsis (sujets immunodéprimés), méningite néonatale

• Selles:
  • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
• Hémocultures, … - culture non sélective pendant 2-5 jours

• Eau salée, fruits de mer

• Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés, contact avec de l’eau de mer

• Cas sporadiques – diarrhée aiguë (2-6 heures après ingestion de fruits de mer)

• Sepsis, infections nécrosantes des membres (terrain à risque - cirrhose, diabète, cancer) – contamination des plaies par l’eau de mer

• Selles:
• • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
  • Si nécessaire envoi d’échantillon pour isolement et typage du vibrion au Centre INational de Référence (CNR)

• Prélèvements de pus, hémocultures, … - culture non sélective pendant 2-5 jours

• Réservoir strictement humain, survie prolongée dans les eaux salées et les animaux aquatiques
• Endémique en Afrique, Asie et Amérique latine
• Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés

• Cas importés (0-2/an en France hors Guyane et Mayotte – épidémies sporadiques)
• Maladie à déclaration obligatoire (pour limiter la diffusion à partir du cas index - selles contenant jusqu’à 108bacilles / ml)
• 20% des malades : diarrhée afécales, « eau de riz », abondantes (3-15 L / j) avec vomissements, sans fièvre. Risque majeur de déshydratation avec une mortalité de 1 – 5% et jusqu’à 50% en l’absence de traitement
• 80% des patients : épisode bénin de diarrhée aiguë aqueuse

• Selles:

• • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
  • Dès suspicion d’un cas de choléra – contact avec le CNR et envoi d’échantillon Ipour isolement et typage du vibrion.

• Tube digestif des mammifères

• Contamination : oro-fécale liée aux conditions d’hygiène précaires

• Syndrome cholériforme – diarrhée aqueuse chez les enfants, « turista » chez les voyageurs

• Selles:

• • Détection spécifique : PCR – résultat en 24h
  • Recherche en culture non recommandée