Panel PCR Elargi Coproculture

Lettre d'information n°27 - Mars 2022

Télécharger la lettre d'information

Panel PCR multiplex élargi pour les coprocultures

Détection de Yersinia enterocolitica, ETEC, Vibrio et Plesiomonas en <24h

Docteur(e),

le laboratoire BIO-VAL a le plaisir de vous informer sur les 4 nouveaux groupes pathogènes entériques détectés grâce à la mise en place du panel moléculaire étendu.

Les gastro-entérites aiguës (GEA) sont l’un des premiers motifs de consultation en médecine générale et en pédiatrie. Afin d’accélérer le diagnostic étiologique, depuis plusieurs années notre laboratoire a mis en place des panels PCR multiplex pour les pathogènes bactériens (Salmonella, Shigella, Campylobacter et E. coli entéro-hémorragique) et viraux les plus fréquents permettant le rendu des résultats en moins de 24h (cf. LETTRE INFO N°5 - JUIN 2019, LETTRE INFO N°8 - JANVIER 2020)

Cette année, nous mettons en place le panel bactériologique étendu permettant une détection de 4 groupes de pathogènes entériques supplémentaires : Yersinia enterocolitica, Escherichia coli entero-toxinogène (ETEC), Vibrio et Plesiomonas.

Voici un bref rappel des principales informations concernant ces microorganismes.

panel bactériologique étendu

Yersinia enterocolitica

Réservoir Transmission

  • Porc, lapins, autres mammifères, mollusques, crustacés

  • Capacité de multiplication à +4°C!

  • Contamination : ingestion d’aliments contaminés (souvent viande de porc et produits laitiers)
  • 3ème cause de diarrhées bactériennes en France (cas sporadiques, parfois cas groupés):
    • Entérite aiguë : diarrhées, douleurs abdominales, fièvre
  • Syndrome pseudo-appendiculaire (adénite mésentérique)
  • Rarement manifestations extra-intestinales (abcès, pneumonie, bactériémie) - sujets plus âgés ayant un terrain fragilisé (diabète, cirrhose hépatique, hypersidérémie)
  • Manifestations réactionnelles au décours d’une entérite: arthrite réactionnelle, érythème noueux

Clinique

Diagnostic Microbiologique

  • Selles :

    • Détection durant la phase diarrhéique et plusieurs semaines après une guérison clinique
    • Détection accélérée : PCR spécifique – résultats en 24h
    • Résultat positif à confronter à la clinique car plus de 25% de souches isolées sont non pathogènes – notamment biotype 1A, très répandu dans l’environnement, est fréquement présent à l’état saprophyte dans l’intestin
    • En cas de PCR positive, une culture est systématiquement réalisée pour l’envoi et Itypage de la souche au Centre National de Référence (CNR)

———————————————

PLESIOMONAS SHIGELLOIDES

Réservoir Transmission

  • Eaux douces ou d’estuaires, poissons et fruits de mer

  • Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés (principalement fruits de mer)
  • Cas sporadiques, prédominance estivale ; plus fréquent dans les régions tropicales et subtropicales
    • Diarrhée aiguë aqueuse (forme la plus fréquente)
    • Syndrome dysentérique, diarrhée chronique (>14jours)

  • Sepsis (sujets immunodéprimés), méningite néonatale

Clinique

Diagnostic microbiologique

  • Selles:
    • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
  • Hémocultures, … - culture non sélective pendant 2-5 jours

———————————————

Vibrions non cholériques (Vibrio cholerae non toxinogènes, V. parahaemolyticus, V. vulnificus)

Réservoir Transmission

  • Eau salée, fruits de mer

  • Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés, contact avec de l’eau de mer
  • Cas sporadiques – diarrhée aiguë (2-6 heures après ingestion de fruits de mer)
  • Sepsis, infections nécrosantes des membres (terrain à risque - cirrhose, diabète, cancer) – contamination des plaies par l’eau de mer

Clinique

Diagnostic microbiologique

  • Selles:
    • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
    • Si nécessaire envoi d’échantillon pour isolement et typage du vibrion au Centre INational de Référence (CNR)

  • Prélèvements de pus, hémocultures, … - culture non sélective pendant 2-5 jours

———————————————

Choléra (V. cholerae toxinogène)

Réservoir Transmission

  • Réservoir strictement humain, survie prolongée dans les eaux salées et les animaux aquatiques
  • Endémique en Afrique, Asie et Amérique latine
  • Contamination : ingestion d’aliments ou d’eau contaminés
  • Cas importés (0-2/an en France hors Guyane et Mayotte – épidémies sporadiques)
  • Maladie à déclaration obligatoire (pour limiter la diffusion à partir du cas index - selles contenant jusqu’à 108bacilles / ml)
  • 20% des malades : diarrhée afécales, « eau de riz », abondantes (3-15 L / j) avec vomissements, sans fièvre. Risque majeur de déshydratation avec une mortalité de 1 – 5% et jusqu’à 50% en l’absence de traitement
  • 80% des patients : épisode bénin de diarrhée aiguë aqueuse

Clinique

Diagnostic microbiologique

  • Selles:

    • Détection accélérée : PCR spécifique – résultat en 24h
    • Dès suspicion d’un cas de choléra – contact avec le CNR et envoi d’échantillon Ipour isolement et typage du vibrion.

———————————————

Escherichia coli entero-toxinogène (ETEC)

Réservoir Transmission

  • Tube digestif des mammifères

  • Contamination : oro-fécale liée aux conditions d’hygiène précaires

  • Syndrome cholériforme – diarrhée aqueuse chez les enfants, « turista » chez les voyageurs

Clinique

Diagnostic microbiologique

  • Selles:

    • Détection spécifique : PCR – résultat en 24h
    • Recherche en culture non recommandée

———————————————

Rappel des traitements recommandés

Le traitement d’une diarrhée est principalement symptomatique (réhydratation+++). Une antibiothérapie doit être réservée aux formes sévères (fièvre >38.5° et/ou >6 selles par jour ou syndrome dysentérique fébrile) ou aux patients présentant des facteurs de risque de complication (nourrisson de <3 mois, immunodépression).

Le traitement empirique comprend l’azithromycine ou la ciprofloxacine per os pendant 1 à 3 jours. Il doit être secondairement adapté au germe isolé.

Traitement antibiotique des diarrhées bactériennes documentées
Bactérie ATB (1ère intention, PO) Durée (j) Alternative ATB
Salmonella, Shigella Azithromycine 3 Ciprofloxacine, formes sévères : C3G IV
Campylobacter Azithromycine 1-3 Amoxicilline-ac. Clavulanique ou fluoroquinolone
Yersinia enterocolitica Ciprofloxacine 7 Doxycycline ou Co-trimoxazole
Vibrio sp. Doxycycline 1 Azithromycine ou ciprofloxacine

Dr. Janina FERRAND

Références :