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Lettre d'information n°38 - Mai 2023

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Le diagnostic syndromique des diarrhées par biologie moléculaire permet depuis quelques années d’améliorer et d'accélérer leur diagnostic étiologique.

Dans ce contexte, notre laboratoire a récemment mis en place des nouveaux panels PCR pour l’analyse des selles (trousses Allplex de Seegene, Eurobio).

Le panel bactériologique standard permet de détecter :

  • Salmonella
  • Shigella/E. coli entéro-invasif (EIEC)
  • Campylobacter sp.
  • Yersinia enterocolitica
  • Vibrio sp.(vulnificuls, parahaemolyticus ou cholerae)
  • Aeromonas sp.
  • Clostridioides difficile toxinogène
Salmonella

Ce panel est systématiquement complété par une recherche d’E. coli entérovirulents dans le contextes de diarrhées sanglantes, de TIAC et de diarrhées chez les enfants de moins de 15 ans. Les cibles recherchées sont :

  • shigatoxines STX1 et STX2 [produites par Shigella et E. coli entérohémorragique (EHEC) et pouvant induire un SHU - syndrome hémolytique et urémique, surtout dans la population pédiatrique)
  • E. coli entéro-aggregatif (EAEC)
  • E. coli entéropathogène (EPEC)
  • E. coli entéro-toxinogène (ETEC)
  • E. coli O157 (un des sérotypes d’EHEC)

En cas de selles liquides, nous ajoutons systématiquement une recherche de virus de gastro-entérites : Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus, Sapovirus et Norovirus.

Clostridioides difficile toxinogène

Sa recherche étant systématique dans notre nouveau panel, voici quelques rappels sur le diagnostic d’infection à C. difficile (ICD) (Rémic 2022) :

  • les facteurs de risque d’une ICD sont :
    • âge > 65 ans.
    • hospitalisation en cours ou dans les deux mois précédant la diarrhée.
    • antibiothérapie en cours ou dans les deux mois précédant la diarrhée.

  • la recherche de C. difficile chez les enfants de < 3 ans est très difficile à interpréter du fait d’un portage asymptomatique fréquent (30 - 80%) et en l’absence de preuve du rôle pathogène de C. difficile dans cette population.

  • en général, la prescription d’une seule recherche de C. difficile est suffisante, la répétition des tests ne présente pas de gain diagnostique.

  • La recherche de C. difficile en fin du traitement d’une ICD n’a pas d’intérêt - 30-40% de patients ayant bien répondu au traitement présenteront des résidus d’ADN à l’issue du traitement. Les critères de guérison sont uniquement cliniques.
Clostridioides difficile toxinogène