Diarrhées Infectieuses

Lettre d'information n°5 - Juin 2019

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Diagnostic des diarrhées infectieuses

Les épidémies de gastro-entérites (GE) constituent un problème majeur de santé publique. Un diagnostic rapide permet une amélioration de la prise en charge, avec traitement anti-infectieux, si nécessaire, et la mise en place de mesures d’isolement dans le contexte d’hospitalisation.


Depuis fin 2017, le plateau de microbiologie du Laboratoire BIO-VAL propose un diagnostic syndromique des GE par des techniques de biologie moléculaire à partir des échantillons de selles.


Ces méthodes diagnostiques rapides et performantes permettent de détecter les principaux agents infectieux responsables de diarrhées infectieuses et permettent :
• le raccourcissement du délai de rendu de résultat : premier résultat positif ou négatif dans la journée;
• l’augmentation de la sensibilité diagnostique par rapport aux techniques classiques de recherche des agents entéropathogènes.

BACTÉRIOLOGIE DES SELLES

Les COPROCULTURES STANDARD comprennent désormais les recherches suivantes :
• Panel moléculaire bactérien : Campylobacter spp, (C. jejuni et C. coli), Salmonella spp, Shigella spp, et Escherichia coli entérohémorragique (producteur de shigatoxine 1 et 2)
• Recherche de Yersinia spp. par culture.
De plus, une recherche de Clostridium difficile et de ses toxines (par des techniques immunochromatographiques et par biologie moléculaire) est effectuée sur prescription ou ajoutée pour toute selle diarrhéique - cf. focus ci-dessous.

VIROLOGIE DES SELLES

La VIROLOGIE DES SELLES comprend la recherche d’Adénovirus et de Rotavirus (par immunochromatographie). Elle est réalisée SYSTEMATIQUEMENT POUR TOUTES LES SELLES LIQUIDES, mais peut être également effectuée sur prescription spécifique de virologie des selles.


Courant 2019, le laboratoire mettra en place un panel moléculaire viral, permettant la recherche de Norovirus, Rotavirus, Adénovirus (40/41), Sapovirus et Astrovirus.
Ce panel sera réalisé sur prescription spécifique de virologie des selles.

PARASITOLOGIE DES SELLES

Pour une demande d’EXAMEN PARASITOLOGIQUE DES SELLES, le laboratoire réalise une recherche combinée :


• Panel moléculaire parasitaire : Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica et Cryptosporidium spp, (C. parvum et C. hominis).


• Recherche d’éléments parasitaires par examen microscopique après deux techniques de
concentration-coloration.

BACTÉRIOLOGIE DES SELLES

Focus sur Clostridium difficile

• C. difficile est une bactérie anaérobie responsable de pathologies digestives de gravité variable (diarrhées et colites pseudomembraneuses, jusqu’à mégacôlon toxique).
• La virulence des souches est liée à la sécrétion de toxines (entérotoxine TcdA, cytotoxine TcdB +/- toxine binaire Cdt).
• Les souches non toxinogènes sont considérées non pathogènes.


L'INFECTION A C. DIFFICILE TOXINOGENE (ICD) doit être évoquée en cas de :
> diarrhée survenant au cours ou au décours d’une antibiothérapie;
> colite pseudomembraneuse;
> diarrhée associée aux soins;
> mais aussi toute diarrhée aigüe d’origine communautaire.


• En effet, l’infection à C. difficile a traditionnellement été considérée comme une infection acquise à l’hôpital, sous pression antibiotique.
• Toutefois, une récente étude populationnelle a révélé que 41 % des ICD sont en réalité contractées dans la communauté.
• L’ICD touche des populations qu’on croyait autrefois à faible risque : des patients plus jeunes et des personnes qui n’ont pas été exposées à des antibiotiques dans les 12 semaines précédant l’infection.

Compte tenu de ces données et selon les recommandations Rémic (Référentiel de microbiologie médicale) 2018, dans notre laboratoire, la recherche de C. difficile est désormais réalisée sur prescription, mais aussi ajoutée pour toute selle diarrhéique (sauf quelques cas précis cités ci-dessous).


> Dans la population adulte, le portage asymptomatique de souches toxinogènes de C. difficile atteint 3 %. C’est pourquoi, pour une interprétation optimale des résultats, seules les selles diarrhéiques (prenant la forme du récipient) sont acceptées.
> Chez les enfants de < 3 ans la recherche de C. difficile est extrêmement difficile à interpréter du fait d’un portage asymptomatique très fréquent (30 - 80 %) et de l’absence de preuve du rôle pathogène. C’est pourquoi cette recherche n’est pas réalisée en routine dans cette population.
> En général, la prescription d’une seule recherche est suffisante. Il n’y a pas lieu de répéter l’analyse dans les 7 jours suivant un premier résultat négatif.
> La recherche de C. difficile à la fin du traitement d’une infection ne présente pas d’intérêt. En effet, 30 - 40 % de patient guéris présentent des résultats positifs à l’issue du traitement. LES CRITÈRES DE GUÉRISON SONT UNIQUEMENT CLINIQUES et l’analyse ne doit pas être effectuée dans les 10 jours suivant un premier résultat positif.


• Selon les recommandations européennes, notre laboratoire utilise un algorithme diagnostique en trois étapes (GDH +/- toxines par immunochromatographie +/- recherche du gène de la toxine par biologie moléculaire), ce qui permet d’allier la sensibilité, la spécificité et la rapidité de réponse pour permettre un diagnostic le plus précis possible.

Références :
• Rémic - Référentiel en microbiologie médicale - Société Française de Microbiologie - 6ème édition 2018
• Leffler DA, Lamont JT. Clostridium difficile infection. N Engl J Med 2015;372(16):1539-48.
• Khanna S, Pardi DS, Aronson SL, Kammer PP, Orenstein R, St Sauver JL et coll. The epidemiology of community-acquired Clostridium difficile
Infection: a population-based study. Am J Gastroenterol 2012;107(1):89-95. Publ. en ligne du 22 nov. 2011. Erratum dans : Am J
Gastroenterol. 2012;107(1):150.
• Gupta A, Khanna S. Community-acquired Clostridium difficile infection: an increasing public health threat. Infect Drug Resist 2014;7:63-72