Les Virus des Gastro-entérites

Lettre d'information n°8 - Janvier 2020

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Focus sur les virus des gastro-entérites

Les gastroentérites (GE) virales constituent la plus fréquente des maladies infectieuses dans le monde (1.4 milliards d’épisodes et 2.2 millions de décès chaque année). Dans les pays industrialisés, leur prise en charge adaptée a permis de réduire fortement leur gravité.
Ces virus entériques infectent essentiellement l’intestin (entérocytes de l’intestin grêle), où ils se multiplient, et sont facilement excrétés dans l’environnement.

Focus sur les virus des gastro-entérites

Les virus des gastro-entérites sont très résistants et peuvent survivre plusieurs semaines dans le milieu extérieur (notamment l’eau).

Leur transmission se fait essentiellement par voie digestive avec une capacité d’infection élevée (10 à 100 particules virales suffisent pour provoquer l’infection).

La détection des virus des gastro-entérites dans les selles peut se faire par des techniques immuno-chromatographiques, notamment le Rotavirus et l’Adénovirus, mais aujourd’hui elle se fait surtout grâce à de la biologie moléculaire (PCR), qui présente une sensibilité bien supérieure.

Une recherche des virus des gastro-entérites par un panel moléculaire viral (PCR) a été nouvellement mise en place sur le plateau de microbiologie du Laboratoire Bio-Val.


Cette technique permet la détection des virus les plus fréquents :
- Rotavirus : groupe A
- Norovirus : génogroupe GI et GII
- Adénovirus F40/41,
- Sapovirus : génogroupe I, II, IV, V
- Astrovirus humain (HAstV)


Pour les patients de ville, elle sera effectuée sur prescription explicite de virologie des selles.

Pour tous ces virus, des mesures de prévention sont nécessaire en cas d’infection, notamment dans les institutions, pour éviter les épidémies : hygiène des mains, hygiène de l’environnement, précautions complémentaires…


Références :
• F. Kundig, P. Chevalier, D. Genné – gastroentérites à Norovirus : fréquentes, souvent épidémiques et potentiellement graves – Rev Med
Suisse 2013 ; 9 : 1806-11
• CNR Dijon virus des gastro-entérites
• Tomoichiro Oka et al. – Examen complet des Sapovirus humains – Clin Microbiol Rey – 2015 Jan
• Diem-Lan Vu et al. – Epidemiology of classic and novel human Astrovirus : gastroenteritis and beyond – Viruses – 2017 Feb
• A. de Rougemont – Gastro-entérites virales, Stratégie diagnostic des diarrhées – Col. BVH – 21 Juin 2019

  Rotavirus Norovirus Adénovirus Sapovirus Astrovirus
Famille Réoviridae Caliciviridae Adenoviridae Caliciviridae Astroviridae
Structure Non enveloppé ARN double brin Non enveloppé ARN simple brin Non enveloppé ADN double brin Non enveloppé ARN simple brin Non enveloppé ARN simple brin
Epidémiologie - Groupe A : agent majoritaire de GE aigües chez les enfants âgés de 6 mois à 2 ans : 1er cause de diarrhée aigüe sévère dans le monde - Génogroupes humains : GI, GII, GIV
- GII génotype 4 le plus fréquent
-1er cause de GE épidémiques tous âges confondus (85-90% des diarrhées virales)
-1er cause de GE sporadiques non bactérienne chez l’adulte et 2ème cause chez les enfants de moins de 5 ans
- Risque épidémique +++
- Types 40 et 41 majoritaires.
- Représente 2 à 6% des causes de GE
- Touche essentiellement les enfants de moins de 5 ans
- Génogroupes humains : I, II, IV et V
- Impact clinique moins important que le Norovirus.
- Touche surtout les enfants
- Responsable de GE bénignes chez les personnes fragiles (enfants de moins de 5 ans, personnes âgées, immunodéprimées)
Saison Epidémie pouvant survenir toute l’année mais le pic est surtout hivernal Toute l’année mais prédominance entre novembre et février Pas de facteur saisonnier Toute l’année avec des pics en saison hivernale Nette prédominance hivernale
Incubation 1-2 jours 1-2 jours 5-6 jours 1-2 jours 3-4 jours
Signes cliniques Diarrhées aqueuse, vomissements et fièvre.
L’infection est souvent asymptomatique chez l’adulte, à l’inverse de l’enfant
Diarrhées non sanglantes, vomissements, douleurs abdominales, nausées Diarrhées, fièvre, vomissements, (proche du Rotavirus mais plus bénin) Diarrhée, le plus souvent sans vomissements Diarrhées aqueuse, vomissements
possible, fièvre peu élevée, faibles douleurs abdominales
Durée maladie 1 à 4 jours 1 à 3 jours 5 à 12 jours 7 jours 2 à 3 jours
Gravité Une GE sévère peut entraîner une déshydratation parfois mortelle. Provoque des diarrhées nosocomiales en pédiatrie - Conséquences sévères chez les patients vulnérables (enfants et personnes âgées) et vivants en institution : risque d’insuffisance rénale aigüe, troubles électrolytiques, et risque d’hospitalisation
- Résolution spontanée, mais possible
complications graves, voire fatales
- Ces GE peuvent devenir chroniques chez les patients immunodéprimés (ID)
Rare Rare, mais des décès ont été rapportés lors d’épidémie en établissement pour personnes âgées Rare
Persistance dans les selles 8-10 jours > 3 semaines 10-14 jours > 3 semaines > 2 semaines
Traitement Symptomatique : réhydratation (orale ou IV) Symptomatique : réhydratation (orale ou IV) Symptomatique : réhydratation (orale ou IV) Symptomatique : réhydratation (orale ou IV) Symptomatique : réhydratation (orale ou IV)
Prévention 2 vaccins existent pour les nourrissons de moins de 6 mois :
-RotaTeq et
-RotaRix
Non remboursés actuellement en France
Isolement du patient, jusqu’à 48h après l’arrêt des symptômes et des mesures d’hygiène sont recommandés (hygiène des mains, nettoyage de l’environnement du patient…), car risque épidémique, notamment dans les institutions Hygiène des mains Hygiène des mains Hygiène des mains